Palyginamasis ekspertinis MTEP vertinimas yra sudedamoji naujosios mokslo vertinimo sistemos dalis. Ši sistema susideda iš dviejų pakopų:
- Pirmąją pakopą įgyvendina Lietuvos mokslo taryba (LMT), pagal Švietimo ir mokslo ministerijos patvirtintą Kasmetinio universitetų ir mokslinių tyrimų institutų mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros ir meno veiklos vertinimo reglamentą. Kiekybinį vertinimą kasmet atlieka nacionaliniai ekspertai.
- Antrąją pakopą įgyvendinanti institucija yra Mokslo ir studijų stebėsenos ir analizės centras, vadovaudamasis ministro patvirtintu Palyginamojo ekspertinio MTEP veiklos vertinimo reglamentu. Palyginamasis vertinimas vykdomas kas penkerius metus. Šį kokybinį vertinimą atlieka užsienio ekspertai. Vertinimo metu atsižvelgiama į Vertinamųjų vienetų MTEP veiklos kokybės (svorio koeficientas 0,65), ekonominio ir socialinio poveikio (svorio koeficientas 0,2) bei perspektyvumo (svorio koeficientas 0,15) kriterijus.
Dviejų pakopų vertinimo rezultatai naudojami skiriant bazinio finansavimo lėšas moksliniams tyrimams ir eksperimentinei plėtrai (MTEP), meno veiklai atlikti valstybinėse Lietuvos mokslo ir studijų institucijose. 60 proc. lėšų moksliniams tyrimams bus skiriama pagal kokybinius palyginamojo ekspertinio vertinimo parametrus, 40 proc. lėšų – pagal kiekybinius formaliojo vertinimo rodiklius. Finansavimas pagal šį vertinimo modelį mokslo ir studijų institucijoms bus skiriamas nuo 2019 m.